A la fin des années 1980 et au début des années 1990, Jean Mauret restaure plusieurs vitraux XIIIe de la cathédrale Saint-Jean-Baptiste de Lyon : les verrières du chœur (baies basses et hautes) et la rose sud du bras sud du transept.
Fin 1990, l'architecte en chef des Monuments historiques Didier Repellin demande à Jean Mauret de faire des propositions de création pour une baie de la grande sacristie de la cathédrale (face est) et pour une autre baie du bras sud du transept (face est). Dans un courrier daté du 7 janvier 1991, il transmet à Marc Botlan (conservateur régional des Monuments historiques) les maquettes de Jean Mauret, en précisant que la grande baie est était autrefois fermée par un vitrail XIXe représentant une crucifixion, mais que ce vitrail a été démoli pendant la guerre et remplacé par du verre dépoli. Il lui explique que Jean Mauret, au lieu de refaire une copie du vitrail XIXe, propose une création à laquelle il émet un avis favorable. Concernant la baie joignant le bras sud du transept (ancienne baie gothique murée dans sa partie basse par la couverture de la sacristie), il préfère parmi les solutions proposées par l'artiste, celle où s'alignent des bandes verticales à celle aux bandes concentriques, la première donnant plus d’ampleur à la baie qui est étroite.
La création du grand vitrail de la sacristie (12,95 m²) est acceptée par l'inspection générale des Monuments historiques. Un devis rédigé par Jean Mauret est adressé en avril 1991 à la Direction régionale des affaires culturelles et à Didier Repellin. Le vitrail est réalisé et posé assez rapidement, son exécution étant attestée par un mémoire daté de juin 1991.
Le projet de vitrail pour la petite baie ouvrant sur le bras sud du transept (face est) n'a pas été réalisé en 1991. Un nouveau projet a cependant abouti en 2015, résultat d'une collaboration entre les verriers Jean Mauret, Gilles Rousvoal et Jean-Dominique Fleury.