Suite à un acte de vandalisme (jets de pierres), le maire de Léré envisage en février 1982 la restauration des vitraux de l'église et leur protection. Un devis est proposé par Jean Mauret au mois de mars suivant pour la restauration des verrières des bras du transept et du chœur. Ces travaux sont réalisés au cours de l'année 1982.
En février 1987, une étude est commandée à Pierre Lebouteux (architecte en chef des Monuments historiques) pour la restauration de la crypte de l’église. L’étude est approuvée en octobre 1989 et les travaux commencent en mars 1991. Au cours du dégagement des extérieurs de l'édifice pour la mise en place de l’assainissement, on s'aperçoit que les appuis des baies ont été remontés et que les baies anciennes étaient beaucoup plus hautes que ce qui en était visible depuis l’intérieur. Ces découvertes conduisent à repenser entièrement le projet. Les baies sont ré-ouvertes et le lot vitrail initialement prévu est modifié suite au changement de dimensions des vitraux à créer. En 1993, Jean Mauret est sollicité pour la réalisation des vitraux de la crypte pour lesquels il propose un projet de créations (neuf baies). Les vitraux sont facturés en septembre 1993.
L'année suivante, les vitraux de la crypte sont doublés de verre feuilleté pour remplacer le grillage inesthétique habituel.