L’église Saint-Jean est attestée dès le 11e siècle, le chapitre du même nom fondé par les Rotrou remonte à la fin du 12e siècle. L’église est détruite une première fois en 1568 lors des guerres de religion. Elle est reconstruite au début du 17e siècle, puis définitivement détruite en 1793.
Comme pour le chapitre de Saint-Étienne, la fondation du chapitre Saint-Jean nous est connue par l’obituaire du même nom. Le document, postérieur de trois siècles des faits qu’il relate, célèbre la fondation d’un collège de chanoines dans l’église de Saint-Jean. La création du chapitre est attribuée à Geoffroy V, comte du Perche, sous le consentement de Renault de Mousson, évêque de Chartres. Geoffroy V fut comte du Perche de 1191 à 1202, le chapitre est donc fondé entre ces deux dates. Les historiens locaux placent traditionnellement la fondation du chapitre en 1194, après le retour de croisade de Geoffroy V. Peu après la fondation, Renaud de Mousson aurait « refondé » le chapitre de Saint-Jean en y intégrant le chapitre Saint-Étienne du château de Nogent, alors composé de cinq chanoines et quatre chapelains.
Le chapitre est fondé dans l’église Saint-Jean, elle-même située devant le château de Nogent : « capellam suam Sancti-Johannis, factam ante castrum ».
Les événements qui surviennent à la suite de l’abolition de l’Ancien Régime aboutissent en 1793 à la destruction de l’église de Saint-Jean et de l’intégralité de ses bâtiments canoniaux. Les deux seules exceptions concernent la maison dite de la Chevecerie, située dans la rue du même nom, et une maison située au n°7 rue de la Collégiale.