Le plus ancien propriétaire connu est Jehan Boydron, seigneur de Beauregard à Reugny et du Clos à Vernou, dans la seconde moitié du 16e siècle. Le corps de logis central datant du 16e siècle a conservé son pignon débordant à l'est. Il fut agrandi à partir de 1630.
En 1851, Le Clos est décrit comme une "maison de campagne" composé "d'un rez-de-chaussée et d'un premier étage avec mansardes et grenier dessus, le rez-de-chaussée comprend un vestibule, un salon, une salle de billard, une salle à manger, deux offices, une lingerie, une cuisine et deux offices. Il y a au premier six chambres, un vestibule, une salle d'attente et deux cabinets. Au couchant du principal corps de bâtiment une orangerie, au nord de cette orangerie, une pompe, bassin, hangar, écurie, remise, fruitier et grande chambre prise sur partie de la grange ci après, grande cour d'honneur, au nord et levant des bâtiments sus désignés, au nord de la cour une grande grange divisée en deux (...). Au midi de la cuisine, une petite cour dans laquelle se trouvent des lieux d'aisances, un poulailler, un pigeonnier, un fruitier, et plusieurs cabanes à lapins. Au midi du principal bâtiment et de l'orangerie, une terrasse dont une partie est plantée d'arbres. La terrasse (...) est dominée par une promenade plantée d'arbres, formant un beau couvert, au midi de cette promenade, un petit pavillon faisant (...). Au couchant de la première terrasse, de l'orangerie et des bâtiments au nord de cette orangerie, un parc dans lequel se trouvent le jardin potager, une pièce de vignes et de la luzerne".
Le registre des augmentations et diminutions des matrices cadastrales indique une augmentation de construction en 1859. Le Clos appartient à cette époque à la famille Valleteau de Chabrefy, également propriétaire de plusieurs châteaux et manoirs dans la vallée de la Brenne (Valmer et Vaumorin à Chançay, La Côte à Reugny).
Le logis fut occupé par les Allemands pendant la Seconde Guerre mondiale. Dans les années 1960-1970, le Clos fut transformé en colonie de vacances de la ville d'Issoudun. Il est aujourd'hui divisé en appartements gérés par Val Touraine Habitat.