Le fief de la Bonnelière est connu depuis le début de l'Époque Moderne. D’obédience poitevine, il relevait de la baronnie d'Angles, et passe au cours des siècles entre les mains de plusieurs familles : du Plessis, de Grailly ou du Vernay. La métairie de la Bonnelière est citée en 1604 (Plaux s.d., Sécheresse, Jean 2019).
Une ferme à cour fermée, légèrement différente de l’actuelle, est portée sur le plan cadastral de 1812. Des bâtiments, aujourd’hui disparus, figurant sur le document, se retrouvent sur des photographies de la ferme prises vers 1894 : à l'emplacement de la grande étable (qui a servi également d'écuries) s'élevait une tour carrée, à toiture en pavillon, munie d'un porche (déjà condamné sur la photographie). Il s'agissait d’un colombier formant porche. Le bâtiment accolé (probable étable) s’appuyait sur la tour nord de la maison forte (cf. vue des bâtiments depuis le nord-est). On voit sur un autre cliché pris depuis le sud-ouest de la ferme une porte charretière (ancienne entrée principale) à droite d'un petit bâtiment en appentis qui a également disparu.
La maison forte (logement de la ferme) date des 15e (fin)-16e siècles (certainement du 16e siécle) mais elle pourrait avoir été remaniée peu de temps après sa construction. La tradition veut en effet que le bâtiment ait été fortifié à la hâte, au moment des troubles des guerres de Religion, par le percement de très nombreuses meurtrières et la condamnation de la fenêtre en rez-de-chaussée de l'élévation nord-ouest. L'essentiel du système défensif ne semble toutefois pas issu d'un remaniement mais paraît avoir été pensé dans le projet initial de construction.
L'étude d'A. Tiercelien (n°36001, 2020) a montré que la fenêtre condamnée et mise au jour il y a une dizaine d'années date du 3e quart du 16e siécle. Elle est dans un état de conservation exceptionnel et semble avoir conservée tous ses élements constitutifs d'origine (bois -chassis et volet-, verre, métal -fer, plomb-).
Des ouvertures de la maison (rez-de-chaussée) ont été modifiées dans la seconde moitié du 20e siècle.
La grange (bien que modifiée), l’étable attenante ainsi que la bergerie paraissent antérieures au 19e siècle. L’étable-écurie, située au nord de la cour, a été construite vers 1900 à l’emplacement du colombier-porche et d’une étable (visibles sur un cliché de 1894). Le fournil et le toit à porcs dateraient du premier quart du 20e siècle. Un puits couvert en dôme se trouvait dans la cour dans la première moitié du 20e siècle. Le chemin d’accès (actuel) à la ferme a été réaménagé vers 1900.
Le mobilier archéologique (notamment céramique) mis au jour lors de travaux effectués au début du 21e siècle dans la ferme ou collectés lors de prospections pédestres menées dans les parcelles agricoles alentours indique que les lieux ont été investis durablement par l'homme (Benarrous 2012). La Bonnelière et ses alentours immédiats semblent avoir été occupés, possiblement, par un habitat gallo-romain et, de façon certaine, par des structures antiques en lien avec la sidérurgie ancienne (ateliers de réduction du minerai de fer). L’examen céramologique atteste d'une implantation médiévale in situ, au plus tard aux 13e et 14e siècles même si quelques éléments du mobilier amènent à la supposer plus ancienne (peut-être dès le haut Moyen Age et, plus certainement, aux 10e-12e siècles).